Штамм "Омикрон" - чего ждать?

Новый штамм захватывает все новые территории. Уже понятны некоторые его основные особенности, но очень многое еще подлежит изучению. Страны реагируют снова закрытыми границами и ограничениями авиаперелетов. 

Однако, это не мешает, например главному инфекционисту ФМБА Владимиру Никифорову заявлять, что появление омикрона может означать, что ковид начал отступать. Так ли это? Откуда он взялся, чем грозит и защищают ли от него вакцины?



ОТКУДА ОН ВЗЯЛСЯ?

Резюмируя недавнюю статью из Science “Where did ‘weird’ Omicron come from?”, можно сказать, что происхождение омикрона - пока вопрос без ответа. Его последний известный предок мог возникнуть еще в конце 2020 года. Омикрон - не потомок альфа, дельта и многих других штаммов. Он развивался скрытно вдалеке от остальных вариантов, и пока не найдены его промежуточные звенья.



ХРОНОЛОГИЯ ШТАММА

- 9 ноября - получен первый образец омикрона от зараженного человека в ЮАР;
- 11 ноября - еще трое зараженных в Ботсване;
- 12–20 ноября - все исследованные геномы в провинции Гаутенг, ЮАР принадлежат варианту омикрон;
- 22 ноября - первый обнаруженный случай заражения омикроном в Европе (Бельгия);
- 23 ноября - ученые в ЮАР обнаруживают большое количество мутаций в омикрон-варианте, сеть надзора за геномными вариантами в ЮАР (NGS-SA) организовывает экстренное совещание;
- 24 ноября - первое сообщение ВОЗ о выявлении варианта B.1.1.529;
- 26 ноября - омикрон классифицировали как вариант, вызывающий обеспокоенность по результатам проведения экстренного совещания ВОЗ.



МУТАЦИИ ОМИКРОНА

Вариант омикрон включает в себя более 60 мутаций и делеций (по разным данным количество мутаций может немного отличаться). Среди них изменения в S-белке (35), N-белке (6), ORF1a (10), ORF1b (2), ORF9b (4), Е-белке (1) и М-белке (3). 

6996188167dbbd7e5e561.png

Один только S-белок у омикрона накопил в себе примерно в 3,5 раза больше изменений (35), чем в других опасных штаммах, таких как альфа (10), бета (10), гамма (12) и дельта (9). Часть мутаций уже встречались в других вариантах SARS-СoV-2. Но мы до сих пор не знаем функций всех мутаций, входящих в состав омикрона.

Некоторые потенциально опасные изменения в омикрон-штамме, и их предполагаемый эффект (по данным covariants.org):

В S-белке:

- H69-, V70- - ошибки при диагностике - тестах ПЦР.

- H655Y, N679K, P681H - увеличение способности передаваться от человека к человеку;

- Q498R, N501Y - значительное повышение связывающей способности S-белка с АСЕ2 на поверхности клеток.

В N-белке:

- R203K, G204R - уменьшение количества вирусных частиц, необходимых для начала заболевания.

В ORF1b:

- L3674-, S3675-, G3676- - мутация может способствовать уклонению от иммунитета, возможно, путем нарушения способности клеток разрушать вирусные компоненты.


ЭФФЕКТИВНОСТЬ ПЦР-ТЕСТОВ

Один из распространенных тестов по методу ПЦР (TaqPath) не определяет S-белок в омикрон-варианте SARS-СoV-2. Это происходит из-за существенного изменения S-белка в новом варианте. Названную выше тестовую систему можно использовать для определения, заражен ли человек омикрон-вариантом или каким-то другим (по данным доклада ВОЗ).


СПОСОБНОСТЬ К РАСПРОСТРАНЕНИЮ

Омикрон, скорее всего, распространяется между людьми лучше, чем дельта-вариант:

- в ЮАР и Ботсване омикрон очень быстро распространяется и вытесняет другие варианты быстрее, чем в свое время распространялся дельта-вариант. 

2.png

- в ЮАР и Ботсване растет количество новых заражений COVID-19. Например, в провинции Гаутенг, ЮАР, где как раз был выявлен омикрон, в ноябре резко выросло количество заражённых COVID-19, особенно среди молодых людей. Но пока неизвестно, вызвано ли это ростом всех заражений или в основном заражений омикрон-вариантом.

Дельта варианту потребовалось несколько месяцев для захвата доминирующей позиции в большинстве стран мира. Если предположить, что омикрон обладает улучшенными характеристиками, то в случае отсутствия важных сдерживающих факторов, например, достаточного уровня коллективного иммунитета, он может распространиться по миру еще быстрее.


"УСКОЛЬЗАНИЕ" ОТ ИММУНИТЕТА

Скорее всего, омикрон повышает риск повторного заражения больше, чем дельта-вариант:

- есть мутации, встречаемые в других вариантах SARS-СoV-2, которые позволили этим вариантам эффективнее уклоняться от иммунитета;

- математическое моделирование показало, что омикрон лучше избегает Т-лимфоцитов.


ТЯЖЕСТЬ ИНФЕКЦИИ

Для определения тяжести COVID-19 у зараженных омикрон-вариантом нужно от нескольких дней до нескольких недель. Ситуация осложняется ещё и тем, что в числе первых зараженных было много молодых людей, у которых инфекция протекает чаще заметно легче, чем у других групп населения.


ЭФФЕКТИВНОСТЬ ВАКЦИН ОТ COVID-19

Скорее всего, омикрон-штамм сможет пробивать иммунную защиту людей даже чаще, чем дельта и другие ныне выявленные варианты вируса. Но иммунитет вакцинированных людей вряд ли полностью потеряет способность нейтрализовать омикрон. 

3.png

Вакцины всё ещё будут сильно снижать шансы развития тяжелой инфекции или летального исхода. Среди зараженных омикроном были привитые различными вакцинами. Как векторными AstraZeneca и Johnson & Johnson, так и на основе мРНК Pfizer.

Не прививаться, не ревакцинироваться, а ждать обновления вакцин в неопределенном будущем, когда ещё толком не известны характеристики нового варианта, и пока люди заражаются дельта-штаммом, - не самая безопасная тактика.


КАК СКОРО ПОЯВЯТСЯ ТОЧНЫЕ ДАННЫЕ

По оптимистичной оценке, потребуется нескольких недель для частичных ответов на некоторые важные вопросы (не включая время на написание статей и их рецензию):

- Для лабораторного выращивания вируса из взятых образцов может потребоваться одна-две недели. Этот вирус нужен для того, чтобы взять образцы крови у вакцинированных и невакцинированных заражённых, и проверить способность сыворотки нейтрализовать омикрон-вариант.

- COVID-19 может развиваться долго. Может потребоваться от нескольких дней до нескольких недель, чтобы сравнить течение инфекции у первых зараженных омикроном.

- Нужно набрать большее количество образцов вируса для секвенирования и уточнения важных генетических данных.

И самое важное: пока не стоит спешить с преждевременными выводами! Это касается как отдельных специалистов, так и инфекционистов ФМБА. В России, где уровень вакцинации так и остается катастрофически низким и дельта еще унесет немало жизней. Излишний оптимизм и внушение его населению в данной ситуации считаю неверным.


ИТОГИ

С одной стороны, появление нового опасного штамма SARS-CoV-2 было вопросом времени. Особенно в таких странах как ЮАР или Ботсвана, где лишь малый процент населения вакцинирован от COVID-19. Хотя смотря с кем сравнивать: чуть более четверти вакцинированных населения в ЮАР - это относительно неплохой показатель по сравнению с другими африканскими странами.

С другой стороны, ждали изменений от дельта-варианта, а в итоге получили новый вариант с огромным количеством новых мутаций. В то же время нам повезло, что в ЮАР есть самые современные технологии среди африканских стран для секвенирования генома вируса. Это и позволило в кратких сроки обнаружить потенциально опасный вариант.

Комметариев: 0

Комментарии могут оставлять только зарегистрированные пользователи Регистрация

{{(!isLast || currentQuestion === 0 ? 'Ответьте на вопрос' : 'Результат опроса')}}

{{questions[currentQuestion].question}}

Обратиться онлайн